清領時期臺灣的書院，空間規劃與分類大約可以分成精神、教學、居住、行政、藏書、服務與交通幾種。其中，精神空間除祭祀先師、文昌帝君、鄉賢、名宦等空間外，一般連大門、堂前的楹廊側牆、過門等，因為具有門額、字畫，一樣具備精神空間的特質。而書院中常見之惜字亭，取崇文敬字的意思，專為焚燬字紙而設；書院立碑多位於前院，同樣具有教化之意涵。書院之教學空間，除一般公認之講堂外，精神空間、齋舍、庭院等，同樣具備教學之性質。書院之居住空間，院長住後堂側室、生童住東西兩側廂房、監院則多居於齋舍前幾間。書院之藏書空間，一般多設於後堂樓上，多稱為「書樓」或「尊經閣」，也有設於廂房、中堂樓上者。清領時期臺灣書院的服務空間，一般包括廚房、倉庫、浴室、水井、廁所與門房等。其中門房多設於門廳側室，廁所常設於後門外，有時會加上一排小外護；廚房常設於後進兩頭或廂房後頭之位置，不少也有另外築起外護者。倉庫一般位於角落，如果數量過多，則常在最後一進另起一列建築，利用後側門聯繫。井的位置多位於廚房左右，數量若為一對，一則有象徵龍眼意涵，二則可預防單一水井枯竭之風險。關於清領時期臺灣書院的交通空間，基本上每一進的各個房屋都有走廊連接成走道。下雨天多利用前屋簷出挑之空間或走廊為走道。至於進與進之間直接的交通空間，大多設於後院講堂與後堂之間。這種建築構造，或稱為「過廊」、「過廳」、「甬道」。常見於台灣許多書院，如白沙書院、明志書院、學海書院、屏東書院、文開書院等。其設計多為捲棚頂之構造，除清領時期臺灣之書院外，也常見於同一時期中國大陸許多地方之書院。至於設在門廳與講堂之間的過廊，為避免遮擋正堂的正面，多採左右兩小廊之作法，如學海書院與鳳儀書院等均是。