順治皇帝去世後，由年僅八歲的玄燁即位，年號康熙。康熙皇帝尊稱孝莊為太皇太后，當時由索尼、鰲拜、蘇克薩哈、遏必隆四位大臣輔佐政務，孝莊太后盡力教養幼主，護衛著愛新覺羅氏的政權，使日後大清王朝的發展達到鼎盛。四位輔政大臣中，以鰲拜最是專橫跋扈，妄圖篡奪皇權，此時孝莊太后成了康熙的堅強後盾。在她的支持下，康熙八年，尚未成年的皇帝一舉粉碎鰲拜集團，成功的奪回政權，也展現出康熙皇帝的過人才智與氣魄。之後，康熙皇帝在平定三藩之亂時，孝莊太皇太后也是全力支持，她甚至拿出宮中金帛犒勞軍士。孝莊太皇太后生性儉約，行事不喜奢華，多次把宮中節省下來的銀兩用以賑濟災民，對年少的康熙皇帝頗有影響。康熙二十六年（1687），太皇太后病情加劇，康熙帝三十五晝夜衣不解帶的侍奉湯藥，多次赴天壇祈求上天減己之壽以增祖母之壽。但皇太后仍因病重去世，享年七十五歲，諡為『孝莊文皇后』。