與許多古老民族一樣，印加人信仰多神教，他們認為神靈無所不在。不過，在太陽神、月神、雷神、雨神等諸神中，太陽神崇拜是印加人最重要的信仰。印加太陽神稱為印蒂，傳言他把金犁和種子賜給人們，在印加神話傳說中國王是太陽神的子孫，故印加王族稱太陽神為「太陽我父」。印加帝國在庫斯科和全國各地都建造太陽神廟，供奉裝飾金色的太陽神像，庫斯科太陽神廟是最大祭祀中心，大約有1500個太陽貞女為太陽神終生聖潔，而各地神廟亦有太陽貞女在其中服務，維護聖火不滅是她們的重要工作之一。每年南半球冬至後3天的6月24日在庫斯科，印加人舉行隆重莊嚴的太陽祭，以迎接新的一年將來臨。月神 (Mama Quilla) 是太陽神的妹妹和妻子，月神神殿中，牆壁上均繪有銀色的葉子。印加人相信地球上的生物繁衍由兩位女神負責掌管。地球上最重要且豐富的食物來源是海洋和陸地，能夠取之不盡、用之不竭，要感謝海洋之母（Cochamama）和大地之母（Pachamama）兩位女神。隨著農業和畜牧業的發展，印加大地之母女神－帕查瑪瑪在各地受到尊崇，印加人以為太陽神透過祂的光芒，讓祂的妻子帕查瑪瑪孕育果實，萬物才會孳生，印加人生活才會豐饒富足。另外，雷神能降雨，被描繪成手持投石器和狼牙棒的武士，星神是保護羊駝等動物的神靈，還有玉米神，馬鈴薯神，也會崇拜自己部落的圖騰神。印加創世神－維拉科查並不是印加人對大自然的原始崇拜，祂的出現十分戲劇化，可能與印加第九代國王帕查庫提?印加（Pachacuti Inca，1438?1471年）的王室爭權奪利有關。起初他並不是繼承人，父親喜愛其兄，但此時鄰近的昌卡人（Chanca）進攻，其父兄逃往山上堡壘，留下帕查庫提抗敵，傳言神力幫助他擊退敵軍，使他獲得王位。故他在位期間，建構新的神話體系，說創世神維拉柯查在的的喀喀湖創造了世界和人類，是一切的主宰，後來祂隱身太平洋海上，消失在日落之處，傳言或許有一天祂會回來，再創造一個新的黃金時代。沒想到印加人對宗教的堅信，將來因為維拉科查的寓言神話，讓西班牙航海者入侵獲得藉口，造成帝國傾覆的厄運。華卡 (huaca)是一種超自然力，它可能是小雕像、任何物體或有紀念性的建築物。尤其庫斯科本身就是一個重要的華卡，以它為中心，向周圍四面八方各個方向延伸有想像線條，印加人將這些線條稱為「賽克（ceques）」，華卡便沿著這些軸線排列，印加人們會向它們獻祭崇拜。當時各城市也有自己的華卡，印加人征服時，有時用自己的神靈取代當地華卡，有時將它們納入自己體系中。在華卡中，印加人認為死去的人不會離開，只是轉化成另一種形式活著，為保存遺體以示崇敬，印加人也有製作木乃伊的習俗，與埃及不同，印加木乃伊穿著盛裝、配戴首飾、旁邊有日常用品與食物，用華麗布料包裹，放入特殊地點的洞穴中。印加人對死去國王的木乃伊特別崇拜，節日時常抬出來遊行，作戰時也帶著出征，相信這些木乃伊有神力，可以保佑勝利，若他們被破壞，以為會有厄運或死亡。印加人每個月有3個宗教節慶，長的節慶長達一週之久，總計而言，一年的節日加起來約有120天，佔去一年的3分之1。節慶內容五花八門，有農業祭典、成人禮、結婚、向死者致敬，更有乾旱、地震、開戰等的祈福。一年中在春分、秋分、夏至、東至四個日子舉辦的節慶最重要，它們是在「改革者」－第九代國王帕查庫提?印加確定的。春分時玉米播種完祈求豐收、夏至太陽祭是最盛大的祭典，庫斯科全城人民參與，各地酋長或特使也來，印加王親自主持祭典，獻上玉米酒，宰殺黑羊駝羔，還用其內臟占卜。最後由太陽光點燃聖火，再屠宰大批牲畜，內臟與鮮血焚燒奉獻神明，燒烤牲肉分享眾人，人們大擺宴席，開懷暢飲，活動延續9天之久。這些印加節慶耗費國家許多財富，但由印加王主持參與的宗教活動，大大強化了王族的權威。