西班牙的佔領北臺灣，荷蘭人一直頗為在意，1626年西班牙人佔領雞籠時，荷蘭人即認為應將其驅逐出臺灣島，但當時並無足夠的武力發動戰爭，只是持續注意雞籠、淡水的局勢。1628年6月，巴達維亞的總督科恩派出6艘船艦前來大員支援，主要任務除應付中國沿海的混亂局面，還包括對付臺灣北部的西班牙人。1629年，荷蘭第三任的臺灣長官納次得知西班牙人的勢力已經伸入台北平原，乃建議公司以武力驅除。同年7月下旬，納次派遣軍隊進攻淡水，但遭到激烈抵抗，這是荷、西兩國在台灣第一次的武裝衝突。1640年9月中起，荷蘭人兩度派員偵察淡水、雞籠，獲悉只有400個人駐守雞籠和淡水，沒有貿易活動也極度缺乏糧食。1641年8月24日，荷蘭人派Joan van Linga隊長率領船隊前往雞籠、淡水，他們在雞籠港登陸，住進社寮島對面的金包里村落，發現雞籠港內沒有西班牙船隻，只有6、7艘中國船。荷蘭遠征隊進入雞籠港灣，也成功地與淡水人建立友好關係，同年10月，淡水住民還到大員，向荷蘭人表達歸順之意。