元朝統一，結束了五百多年來的民族紛爭與戰亂，使人民能夠在比較安定的環境中從事生產。蒙古滅宋後，廢除了南宋苛稅一百五十餘項，元朝政府為恢復和發展農業採取的一些措施：如設置勸農機構、獎勵墾荒、大力屯田、興修水利、減免租稅等，對經濟發展頗為有利，在元末以前，長江以南（特別是江浙行省）的農業經濟，在唐宋以來的基礎上繼續發展。元朝建都北京，為從江南取得必不可缺的糧食和其他物資的供應而修建京杭大運河，成為中國經濟重心徹底從黃河流域轉移到南方的標誌。元代江南耕地總數變化不大，但是耕地品質卻有頗大改善，這與江南水利的改進有密切關係。南宋在太湖流域地區大量圍墾低地為田，由於只管圍田，不管治水，終於造成水系混亂。到了元代，需要著重解決太湖排水不當的問題，所以治水的特點是使用「疏水」，主要是疏浚太湖周圍的港浦；同時興修堤岸，使之更加牢固。因此終元一代，太湖地區水旱災害的發生頻率比宋代有所減少。元代中期，政府兩度在江南設置都水庸田司，爾後又設立行都水監，並曾有任仁發等水利專家領導，進行了多次較大規模的治水工程。官方組織的治水活動，直到1330年代末還在進行中。元代以疏浚河道為主的水利建設，對江南耕地有著重大的意義。宋代農田開墾，主要特點是圍墾荒地（特別是低窪之地），以增加農田面積，但土壤含水過多，難以種植麥、豆、油菜等旱地作物。元代農田改良，主要特點是開墾原來大圩內的大量荒地，並實行乾田化，即改造低濕耕地，提高耕地土壤的熟化程度。其中乾田化的意義尤大。這一農田改良的目的，是將低濕土地改造為可以種植冬季旱地作物的良田。農田的改良，加上肥料使用的進步，使得在同一耕地上的水旱輪作成為可能，促進了稻麥複種制的普及推廣。南宋時期江南不少地方已經種植木棉。元代長江流域植棉業有進一步的發展，元代時，松江人黃道婆從海南島回來，推廣黎族人民的棉紡工具和技術，並加以改進，促成長江三角洲成為全國棉業中心。至元二十六年（1289）政府分別在浙江、江東、江西、湖廣、福建設置木綿提舉司，每年向民間徵收棉布十萬匹。元貞二年（1296）又規定木綿、布、絲綿、絹四項同時列為江南夏稅內容，由此可見江南棉業的發達。