在中國和阿拉伯醫藥交流方面，由中國傳入阿拉伯者，據傳漢代的麻醉法曾傳入阿拉伯而被改進發展成吸入性麻醉法。西元10世紀時，脈學也曾被阿拉伯醫家所吸取，從而成為診斷疾病的重要手段之一。宋太祖趙匡胤開寶四年(971年)，中國在廣州置「市舶司」後，由阿拉伯商人運往歐洲的中藥，已有人參、茯苓、附子、川椒、朱砂、水銀、牛黃等60餘種之多，其中尤以牛黃最受歡迎；元代時，中國藥物和針灸療法，也傳入阿拉伯及其鄰近國家。在阿拉伯傳入中國方面，唐高宗永徽年間(650-655年)開始，阿拉伯國家的方藥漸漸地傳入中國，據《諸蕃志》記載，當時傳入中國的藥物有乳香、沒藥、血竭、木香等多種藥物。宋朝時，蘇頌等人還在《本草圖經》中，記載了胡薄荷等阿拉伯藥物的名稱。元世祖忽必烈更於至元七年(1270年)，設立了名為「廣惠司」的阿拉伯式醫療機構，其中所用藥物，也都採用阿拉伯醫生配製的回回藥物。至元二十九年(1292年)時，廣惠司又擴大範圍，在北京和多倫兩地各設「回回藥物院」；如此一來，元代建立的阿拉伯式醫療機構和藥院，就有3所之多了。此外，當時被譯成中文的阿拉伯醫籍，有《回回藥方》等數種，內容非常豐富。