孔子為萬世師表，為表彰對孔子的敬崇，在祭孔儀式中的音樂，主要以表達肅穆莊嚴氣氛為主，舉凡詩歌、音樂、舞蹈樂器等形式，與普通音樂完全不同。音調方面有詩歌、鼓樂，頓挫分明。樂譜包括昭平、宣平、秩平、敘平、懿平、德平等樂章。樂器則為仿古制樂器，有不少較特殊且外面其他音樂少見。如音樂、樂舞開始的柷、樂曲樂舞終結的敔，其他還有特磬、編鐘、編磬、笙、熏、箎、鏞鐘、鎛鐘、鼓、琴、瑟等多種。臺灣祭孔最早可追溯至明鄭時期，永曆二十年臺南孔廟落成後，開始引進中原地區的祭孔儀式。依照規定，祭孔儀式舉行時，根據樂章的先後順序，以歌詩鼓樂齊奏的方式，誦揚孔子的功績；同時以右手拿一個有羽毛的木棒--翟，左手拿籥，祭祀者以六佾舞，一面舞蹈時應著歌詩，一個字一步舞。當中俯仰頓挫的姿態，大多配合詩章字眼的含意而來。樂章完畢，奏以「十三音」，直到典禮完成。祭孔典禮當天早上祭祀五代先王時，先以十三音演奏。十三音又稱十三腔，因演奏樂器為十三種得名，它的樂器包括：三音、叫鑼、雙音、鱷鐸、餅鼓、檀板、笛、簫、笙、管、琵琶、三絃及七種胡琴（即提絃、和絃、鋅絃、鼓絃、四絃、提壺、貓絃），後來又加入雙清、秦箏等樂器。演奏時，將同聲集上的工尺譜以十三種樂器演出，呈現出一種曲調悠揚、極其古風幽雅的樂音，給人清爽的感覺。十九世紀中葉，孔廟禮樂局專程派人前往閩浙地區招聘樂師教導，十三音因而傳入，傳入後在臺南甚為風行，後又從臺南逐漸傳到臺灣其他各地。目前臺灣一年一度的祭孔大典，除臺南文廟繼續沿用清制音樂，以羽調的昭平、宣平、秩平、敘平、懿平、德平之章為主外，多數孔廟的音樂，依照明朝洪武年間公布的大成樂章修訂而來，包括宮調之景和、咸和之曲，羽調之咸和、寧和、安和、景和之曲。相較佛教音樂與道教音樂的世俗化與貧瘠化，儒教祭孔音樂一則因為當局的提倡，二則因儒家文化的興盛而得以保留。成為臺灣傳統儀式音樂中之僅存者。其中變化讓人有滄海桑田之感。