在對外貿易方面，德川幕府一開始是延續豐臣秀吉的措施。秀吉時為了取締倭寇及鼓勵對外貿易，曾經發給朱印狀，用以證明它是正式的貿易船，但是由於秀吉的對外侵略政策，使得這個措施並未形成一種有效的制度。等到德川家康時，乃積極與安南與呂宋等地的政權進行交涉，方才確立持有朱印狀者才能准予貿易的朱印船制度。日本西南大名與有力的商人便在德川家光下令鎖國之前，航行著朱印船往來東南亞之間。中國、外國商人在琉球、臺灣、呂宋、安南與暹羅等地進行國際貿易。此時針對外國人對日本的貿易，則由於天主教傳教士與外國商人長期介入戰國大名間的爭戰，加上大阪之役時他們與豐臣家有所接觸，所以1616年德川秀忠掌握大權之後，便發佈繼承其父的「禁教令」，下令除中國船隻之外，其他國家的船隻只能停靠平戶、長崎兩港。禁教令會波及到貿易，是因為部份傳教士冒充商人。在此一禁教政策執行中，荷蘭人（以荷屬東印度公司為主）利用此一情勢，乃揭發葡萄牙人傳教，促使幕府限制葡萄牙人的貿易範圍，以便取代他們在日本的地位。到了三代將軍家光時，對於國內各勢力嚴格的統御政策，也及於對外貿易。在1633到1639年之間，先後發佈四次禁令，被稱為「鎖國令」。其要點與措施包括：1、禁止日本人與海外往來；2、取締天主教，尤其是傳教士；3、取締外國貿易船（1633、1635年）；4、禁止朱印船以外的船隻航行海外，兩年後禁止航行海外的所有日本人回國，中國船只能停靠長崎港（1636年）；5、將葡萄牙人移至出島，以禁止與日本人往來（1637）；6、1638年島原之亂（天主教的農民暴動）以後，翌年禁止葡萄牙人東航；7、1639年，將荷蘭商館移至出島，使得能到日本貿易者僅有中國人和新教徒之荷蘭人，且限於長崎一港。幕府的鎖國政策除禁教之外，還有限制貿易以防日本銀大量流出，及預防西南大名因此貿易而富強的意圖。德川家康時，確立持有朱印狀者才能准予貿易的朱印船制度。發給船主朱印狀，用以證明它是正式的貿易船，方才准予對外貿易。朱印船圖。