十三世紀末元軍東征之際，中日關係雖曾有過短暫的緊張局面，但是隨著戰事的結束，彼此之間的交通貿易又恢復以往的頻繁。值得注意的貿易模式，是日本方面為了籌措營建寺院的經費，而派遣專門的船隊進行貿易。如足利尊氏曾於1341年為營建京都的天龍寺，而派遣由博多商人組成的「天龍寺船」前往元朝貿易。同一時期，日本西國的商人與武士也到朝鮮半島或中國從事私人貿易，但是當他們無法順利交易或交易不利時，便採取搶奪行為，這些人被稱為「倭寇」。隨著南北朝亂局的持續，這種情形逐漸顯著，因為他們亦商亦寇難以分辨，加上遇到軍隊的追剿就會逃回日本，所以問題越來越嚴重，中國與朝鮮半島的沿海因而無法平靜。元朝末年，中國群雄割據，甚至有些地方勢力還與倭寇互相合作，一直到1368年明朝建立，才開始著手處理倭寇問題。明太祖朱元璋採取的是消極的海禁措施，頒佈禁令，不准中國人「下海通番」。這樣的措施雖然讓倭患稍微減輕，制止了中國人「假倭為亂」的部分，但是來自日本的「倭寇」並未完全解決。明朝的海禁政策使得中日貿易受阻，對幕府極為不利。在足利義滿控制全國後，就開始積極地向明朝尋求合法的貿易關係。明太祖在位期間（1368?1398），對於日本採取防備的態度，所以雖然義滿遣使節遞交國書，但是被拒絕。直到明成祖朱棣奪得政權，才開始進行以朝貢為名義的貿易，又稱為「貢舶貿易」或「朝貢貿易」。由於對日本國情不明，所以明朝稱足利義滿為「日本國王」，並賜予「日本國王」金印與「勘合底簿」，於是明朝成為日本的宗主國，這種朝貢關係並不是對等關係，但是對於需財孔亟的室町幕府來說，外交上的身份地位不重要，重要的是藉由按時到明朝朝貢，可以進行正式的合法的貿易。對於明朝來說，則是要求義滿能夠取締倭寇，或送還被倭寇所擄之中國人。按規定，日本每十年一貢，人止二百，船止二艘（後擴大為人不過三百，船不過三艘）的規模，由幕府將軍以「日本國王」的名義，向明朝奉表稱臣納貢；船隊在進入中國港口之後，必須查驗「勘合底簿」上的文號關防是否正確，無誤後使節團便可以經由明朝的大運河系統前往京師（一開始為「南京」，之後為「北京」）遞交國書與貢品。遞交國書與貢品之後，會獲得明朝朝廷的優渥賞賜，這部分的利益是屬於幕府將軍的。同時，其他船隊或使節團的隨行人員則可以在港口寧波或京師進行被官方同意的貿易，由於使節團經過的地方都是中國繁榮之地，他們來回之際，也促成交易的繁榮。