蔣中正在平息「二二八事件」中的角色是眾所矚目的問題。當時身為國家元首，蔣氏對叛亂活動，自有派兵鎮壓之職權。然而，此項決定有無瑕疵、執行過程有無弊端，也不容忽視。根據各項資料顯示，處委會之所做所為充其量只為求高度自治，並無反叛中央之意，但蔣中正因軍務繁忙，無暇查證，又過度信任陳儀，接受其請兵之要求，不能不說有失察之責。其後，蔣氏亦了解真相，但歷史的錯誤已造成，難於挽回。其次，在執行綏靖任務時，報復、違紀事件不少，亦是一憾事。固然蔣氏的確曾一再嚴申紀律、禁止報復，但終未能防止弊端之發生。而事後台籍官僚(如丘念台、蔡培火)曾建議懲治失職者，以平民怨，但未被接納，以致留下長期的社會傷痕，確實是有考慮不周之處。3月1日凌晨，南京中統局接到台灣調查統計室十萬火急電文，報告「二二八事件」後每天急電二次。中統局局長葉秀峰向蔣主席建議加派勁旅三師赴台。中統局刻意強調事件之嚴重性，例如五日電稱參加暴動者多屬前日軍徵用之海外回來浪人，全省約計12萬人。在加油添醋的報告下，不難想像中央對此事件的反應。而資料也顯示，憲兵司令部與中統局3月12日報告蔣主席，陳儀在國軍登陸後濫行報復。13日蔣主席以急電諭令陳儀，「請兄負責嚴禁軍政人員施行報復，否則以抗命論罪」，口氣極嚴厲。同日，陳儀也急電回報稱，已嚴禁軍政人員報復，但「自當再行嚴飭」。14日，陳儀乃再飭所屬軍政人員，嚴禁報復。儘管三申五令，報復事件仍無法禁止。