巴拿馬位於中美洲的最南端,呈現S形的東西長、南北寬的狹長地形,向南連接哥倫比亞,北接哥斯大黎加,成為中南美洲之間的陸橋。同時巴拿馬南北分別面臨太平洋與加勒比海,再加上從中貫穿的巴拿馬運河,可說是位處中南美洲海陸交通的十字路口。從地形上來看,運河所在的巴拿馬地峽,為一狹窄的凹陷地形,也是加勒比海與太平洋相鄰最近的幾個地點之一,上有查格雷斯河(Chagres River)流經,可直接作為運河河道,以節省工程時間,亦可興築水壩用作運河調節水位之用。南端的巴拿馬灣(Gulf of Panama)為火山作用的沉降地形,深達兩百餘公尺的海灣,提供船隻一個平靜安全的航行路線。