康熙對天主教並非全面禁絕，而是必須領有傳教執照才能繼續在中國傳教，以便能夠控制傳教士的活動以及監督他們的傳教內容。但有一些傳教士拒絕申請，寧願以非公開的方式傳教。雍正即位後，因傳教士介入皇位之爭，對傳教士不滿，仍予以嚴禁。1724年(雍正2年)雍正諭令信奉天主教的中國人放棄信仰，否則處以極刑，並限西洋教士半年內離華，前往澳門。當時全國有教堂300餘間，自此以後，大部分改?公廨或倉庫等。雍正在位期間，只有北京的天主堂保持傳教活動，其餘各省的傳教活動均屬非法，傳教士只能秘密進入中國傳教。乾隆即位後，雖准許傳教士供奉朝廷，但對傳教活動嚴加取締，1757年（乾隆22年）並下令嚴查各海口，禁止外人自由通行。嘉慶皇帝亦堅持禁教，於1805年5月制訂取締天主教章程十條，嚴諭官員執行。禁教期間，基督教在中國並沒有絕跡，傳教活動仍在暗中進行。中國籍傳教士，打扮成商人，到各地傳教。西方傳教士則儘量打扮成中國人的樣子，以避人耳目。例如打扮成病人，每天以茶洗面，使顏色黧黃﹔休息時，則以被褥蒙首，面壁而臥；並靠著中國教友幫忙，暗地接送傳教士，長期暗藏或供養被追捕的神父。在江南地區傳教者，如1745年(乾隆10年)，義大利談方濟神父（Franciscus de Attimis）在黃安多神父（Antonius Josephus Henriquez）的幫忙下，利用河道，白天蟄伏在教友的船艙，晚上才登陸活動，施行聖事，天明即散。