1945年8月14日日本宣佈投降，17日宣佈獨立，在蘇卡諾領導下成立印尼共和國。當日本宣布投降後，英國與荷蘭合作，先由英國協助接收印尼，再由英國移交荷蘭。不同意被接收的印尼人隨即與英國發生戰爭，不久英國將控制權移交荷蘭，荷蘭政府再次捲土重來並恢復對部分島嶼的控制，雙方展開漫長的談判與爭戰。1946年10月雙方協議停戰，並簽訂林加扎提協議(Linggadjati Agreement)，不少印尼人認為此協議損害印尼主權及獨立而反對，然於1947年3月仍被正式簽署。但三個月後，荷蘭獨立爪哇北部地區並繼續攻擊印尼共和國。印尼共和國除了要面對荷蘭的威脅，以穆梭為首的印尼共產黨也在1948年9月發動爆動要求印尼完全獨立，印尼共和國最後是鎮壓了印尼共產黨，並逮捕穆梭，卻引起了荷蘭的不安。12月荷蘭發動了第二次「警察行動」(或稱為第二次殖民戰爭)，攻入印尼共和國首都日惹，拘捕總統蘇卡諾、副總統哈達，引起國際輿論抨擊，最後在美國的壓力下，荷蘭政府同意釋放俘虜。1949年8月荷印雙方於海牙舉行圓桌會議，在聯合國的主持下，雙方達成海牙協議。12月27日荷蘭將主權交還當天正式成立的「印尼聯邦共和國」(United States of Indonesia)。1950年8月17日併入東印尼邦與蘇門答臘，頒布新憲法，改組「印尼共和國」，總統仍為蘇卡諾、副總統哈達。