1884年，「總督醫院醫學館」一度停辦。1893年，李鴻章奏准設立天津儲藥施醫總局，現稱天津總醫院，於當年12月落成啟用。1894年李鴻章奏準在天津總醫院設立學堂，委派天津稅務署醫官歐士敦為醫學監督，先委英國愛丁堡大學醫學士曲桂庭為第一任總辦 (校長)，後請林聯輝為總辦。教授多是法國人，以原有的醫院作為實習醫院，專門培養軍醫人才，命名為北洋醫學堂，又稱北洋海軍醫學堂，因其費用從海防經費中列支。1900年，北洋醫學堂因義和團運動而停辦。1901年，李鴻章因議簽辛丑和約過勞於5月病逝。袁世凱繼任直隸總督兼任北洋大臣。1902年，清廷批准袁世凱之奏，集軍權於中央：中樞設練兵處，下設軍令，軍政及軍學三司，派奕劻為總辦，袁世凱為會辦，鐵良為襄辦。袁世凱奏請恢復北洋醫學堂，易名為「北洋軍醫學堂」或「北洋海軍醫學堂」，任命徐華清為總辦，招收醫科第1期學生，肄業4年。1906年，北洋軍醫學堂更名為北洋軍醫學校，1911年，學校再更名為陸軍軍醫學校。