中華醫學會的最早發起人是伍連德。1910年，伍氏草擬了學會章程，並於1913年先在北京組織了一個地方性的中華醫學會。中國性的中華醫學會創立於1915年。當年博醫會在上海舉行例會，參加會議的中國西醫一同合力創辦了中華醫學會。中華醫學會是中國人組織的、歷史最久的西醫學術團體。創始人及其成員多為留學英、美歸國或英、美教會在中國辦的醫校畢業生，如顏福慶(1882-1970)、刁信德(1878-1958)、俞鳳賓（1920-1922）、丁福保等人。早期會員僅四、五十人。這個團體從博醫會分化而來，但1932年博醫會與該會合?。中華醫學會主編的雜誌《中華醫學雜誌》，自1915年11月出刊第一期至今，除一兩次脫刊及唯一的一次短期改換刊名外，一直維持不衰，成為中國西醫學界最權威的學術刊物。西醫界的其他專科學術團體及雜誌，如生理學會、兒科學會、醫史學會等，大多從此會分化出來。1916年由該會發起的醫學名詞審查會在統一西醫名詞中文譯名方面有很大貢獻，更重要的是這個會議在第二年即不僅限於醫學，1918年改名為「科學名詞審查會」，由教育部指導並給以財政援助。當時，這個會議是最重要的學術會議，中日戰爭以前每年開會從未中斷，對中文自然科學著作的編寫、中文自然科學教學等有決定性的指導作用。中日開戰前，中華醫學會的歷屆會長無一不是自美英留學歸國者，大多都是近代醫學史上的著名人物。中華醫學會在中西醫問題上自然傾向於廢止中醫，但大多數成員並不如余雲岫等人那樣激烈，如早期負責人伍連德等對此問題就頗慎重。20年代後期由於中西醫對立日形嚴重，該會之傾向也愈明顯，第六任會長劉瑞恒(1890-1961)任南京政府衛生部副部長之後，採取行政手段，參照余雲岫等人的意見廢止中醫，中華醫學會的傾向益加明顯。1934年後余雲岫主編《中華醫學雜誌》5年之久，多數的反中醫文章皆在該雜誌上發表。