南京國民政府成立後至抗日戰爭前，在中國所成立的醫學院校，較著名的有：1927年上海建立的第四中山大學醫學院(1932年改名為上海醫學院)。1928年河南創辦河南省立中山大學醫(1930年秋改稱河南大學醫學院)。1932年甘肅蘭州創建甘肅學院醫學專修科(1946年改建為蘭州大學醫學院，1954年改稱蘭州醫學院)。1932年濟南成立山東醫學專科學校(1939年改名山東醫學院，1948年由白求恩醫學院接收)。1934年鎮江創建江蘇醫政學院(後定名為南京醫學院)。1934年廣西南寧創建廣西省立醫學院(1949年改名為廣西醫學院)。1936年南京建立國立藥學專科學校(現南京藥科大學前身)。1936年西安成立陝西省立醫藥專門學校(1949年並人西北醫學院)。1937年昆明創辦雲南大學醫學院(1956年改稱昆明醫學院)。1937年6月福州設立福建省立醫學專科學校(1949年改名為福建醫學院)。1938年3月貴陽建立貴陽醫學院。此外還有許多大學辦有醫預科，如國立北京大學、國立南京中央大學、私立北平輔仁大學、濟南齊魯大學、上海聖約翰大學等。據1937年教育部醫學教育調查統計，當時全中國有公私立大學醫學院，獨立醫學院，醫藥、牙科學校及專修科總計33所。其中國立4所，省立7所，私立6所，教會辦8所，外人辦4所，軍醫學校2所，不詳者2所。南京國民政府時期，教會醫學院校及外人所辦的醫學院校，在醫學教育中仍佔有重要作用，雖然當時中國曾掀起收回教育主權的愛國運動，至30年代教會辦的醫學院校迫不得已，紛紛在國民政府教育部立案註冊，推薦中國籍教師擔任校長，但這只是表面上由國民政府管轄，實權仍掌握在外人手中。因為教會學校和外人所辦的學校，仍受到外國財團的支持。據1936年資料，美國教育及救濟機關在中國的總投資為4190萬美元，其中醫藥和教育費用占52.9％。1936年左右，中國30幾所醫學院校經費共為8735068元，而外人設立的協和醫學院等3所醫學院校的經費竟已占6201015元。中日戰爭時期，醫學教育事業遭到嚴重破壞。由於日軍的入侵，中國大部分國土淪陷，許多被侵佔地區的醫藥院校被迫停頓或內遷，教學儀器設備損失慘重，許多學校無法維持正常教學，內遷後與內地學校臨時合併，組成聯合學校。抗日戰爭勝利後，內遷學校紛紛復員回原址並陸續複課。同時還新建了一些醫學院校，如1947年在漢口建立武漢大學醫學院，同年在太原成立山西大學醫學院等等。