在元朝君主的扶持下，元代成為書院發展的鼎盛時期，眾多的書院在此時獲得成立。書院成立的方式，或將原有私人書院改為官辦者，或由官方新創建或是重創者。根據學者的統治，元代書院計有408所，其中以江浙、江西二行省為書院分布地點最多之處。以下便介紹幾所當時著名的書院。嶽麓書院元世祖至元十一年(1275年)，元兵攻陷長沙，嶽麓書院毀於戰火之中。在宋元之間的長沙保衛戰裡，幾百名嶽麓書院學生曾經參與戰鬥，當長沙城被元軍攻破之後，這些學生大多自殺殉國。進入元代後，由於官方鼓勵設置書院，嶽麓書院有機會獲得重建。書院的重建，由潭州學正劉必大主持。毀壞十幾年的嶽麓書院得以恢復。仁宗皇慶二年(1314年)，郡別駕劉安仁再次主持大修。元末戰亂再起，嶽麓書院再次毀於戰火之中。尼山書院地點位於山東曲阜。五代後周顯德年間(954-960)，為了紀念孔子誕生於尼山而在此建廟祭祀。宋仁宗慶歷三年(1043年)，重修此廟，另建夫子殿、寢殿、講堂、學舍。元順帝至元二年(1326年)，由地方官員奏請興建書院，且獲得當地居民出錢出力的協助，尼山書院於是成立。東湖書院元成宗大德年間(1297-1307)，黃澤因得江西省官員賞識，受派任江州景星書院山長。後來又轉任東湖書院山長，許多學生都慕名而來，東湖書院興盛起來。黃澤經常夢見孔夫子，某中又夢到孔夫子親手授予他自己校正過的六經，字跡就像新的一般。於是有感而發，認為自己先前解釋經書時，常常遵守舊說，這是不對的，因此寫作〈思古吟〉十章，內容極言聖人德容之盛，上達於周文王以及周公。