萬曆三十八年（1610年），利瑪竇因積勞成疾在北京去世，安葬於北京阜成門外。利瑪竇去世之後，耶穌會的教士相繼來華傳教，但並非一帆風順，如萬曆四十四年（1616年），禮部侍郎沈確在南京向神宗連上三疏，中傷天主教，於是神宗下詔禁止西人傳教，封閉天主教堂，並將教士逐往澳門，是所謂「南京教案」。雖經徐光啟等極力護教，但天主教的傳播已受阻。明末二年，朝廷為對付滿洲邊患，於是重用傳教士改良軍器。熹宗遂遣使赴澳門，召教士龍華民、艾儒略等人北上，其指導製造銃炮。教禁遂無形解除，西學得再傳播。思宗即位之初，命徐光啟監修曆法，並徵傳教士湯若望等人譯書演算。明亡後，部分西方教士仍留在中國，在南明政權和清廷中服務。