南京臨時政府成立後，由蔡元培擔任教育總長，在教育部召開臨時教育會議，制定新的學校系統，稱「壬子學制」。民國二年八月，民國政府又陸續頒佈了各種學校規程，對新學制有所補充修改，是為「壬子癸丑學制」。這個學制，兒童從六歲入學到二十三歲或二十四歲大學畢業。整個學制為十七或十八年，分三段四級，有三個系統：一是普通教育；二是師範教育；三是實業教育。此外，下設蒙養院，上有大學院，不計年限。在推行新學制的同時，教育部於民國元年八月、九月先後頒佈了「小學校令」、「中學校令」、「大學令」、「師範教育令」，民國二年八月頒佈了「實業學校令」，對各級各類學校的目的任務、課程設置、學校設備、入學條件、教職員任用、經費及領導管理都做了具體的規定。小學教育以留意兒童身心之發育，培養國民道德之基礎，並授以生活所需之知識技能為宗旨。中學以完成普通教育，造成健全國民為宗旨，取消了文實分科制度。專門學校以教授高等學術，養成專門人才為宗旨。大學以教授高深學術，養成碩學閎才，以因應國家需要為宗旨。師範學校以造就小學教員為目的；高等師範學校以造就中學校、師範學校教師為目的；各級師範學校的學生均可享公費待遇。實業學校以教授農工商業必須之知識技能為目的；甲種實業學校施完全之普通實業教育；乙種實業學校施簡易之普通實業教育；亦得應地方需要授以特殊之技術。實業學校分農業、工業、商業、商船等校。新學制基本上廢除了教育權利上的兩性差別，按規定，初等小學可以男女同校，除大學不設女校不招女生外，普通中學、師範學校、高等師範學校和實業學校都可以設立女校，反映男女平等思想；其次，取消了清朝專門為貴族設立的貴冑學堂，廢除封建特權和等級限制，廢止清末按等級獎給畢業生科舉出身的規定，在教育工作中禁止體罰。再次，根據新教育宗旨，對課程進行重要改革，小學廢止讀經課，大學取消經學科，加強中小學的實業學科和職業教育，禁止使用清朝學部頒佈的教科書，著手編訂新教材；最後，縮短了學制年限，新學制較「癸卯學制」共縮短三年。這個學制一直實行有十年之久，其間雖小學校於民國四年進行一次改革，大學於民國六年進行一次修訂，但無本質上的變化，這是這一時期影響最大的一個學制，為之後的學校體系奠定了牢固基礎。