壬寅學制並未施行，1903年由張百熙、張之洞、榮慶重新擬定公佈了一個「奏定學堂章程」。這個章程對學校系統、課程設置、學校管理等都做了具體規定，也稱為「癸卯學制」。這個學制一直沿用到宣統三年（1911）清朝覆滅為止，對清末中國的學校制度影響很大。民國以後學校制度的建立，實際上也是在這個學制的基礎上演變而來的。這個學制包含著從小學到大學的完整體系，從縱的方面看，整個學制分為三段六級：第一階段為初等教育，另設蒙養院，不在正式學制之內；第二階段為中等教育；第三階段為高等教育。從橫的方面來看，與高等小學堂平行的有實業補習普通學堂、初等農工商實業學堂和藝徒學堂；與中學堂平行的，有初級師範學堂、中等農工商業學堂；與高等學堂平行的，有優級師範學堂、實業教員講習所、高等農工商實業學堂。按照這個學制，兒童從七歲入學到通儒院畢業，長達二十幾年，年齡要到三十歲，即使不將通儒院計算在內，學齡也長達二十一年，是中國最長的一個學制。這個學制的建立與施行改變了中國長期官學、私學、書院等學校形式，為中國現代形式的學校制度奠定了基礎。