傳統水利最主要的水源為水庫和各種的貯水池，由於集水區的水土保持工作未盡完善，造成水庫淤積問題嚴重。再加上山坡地的過度開發，使用農藥與肥料，水庫開放觀光而增加水源的污染等因素，造成水庫優養化，水質惡化。以嘉南大圳來說，灌溉區內三個最重要的水庫：烏山頭、白河及曾文水庫，經調查顯示，三水庫在1990年以前都達優養的等級，水質有惡化的現象，其中如曾文水庫乃因水土保持工作不良導致。就水庫的功能而言，優養化不見得會對其造成影響，甚至有助於植物的生長，但長期下來會使水質惡化、水庫本體設施受損，為防止水庫繼續惡化，經濟部水利署自2006到2007年進行大型的「臺灣地區水庫淤積浚渫計畫」，主要針對大埔水庫、白河水庫以及明德水庫情況，改善其淤積狀況，此外，目前亦有中興大學土木系團隊，將水庫中的泥沙改良成建材，既環保又可賺錢。