至2007年為止，除籌備中的馬偕醫學院，及長榮大學醫學院（長榮大學已於健康科學學院成立醫學研究所）外，臺灣共有十一所醫學院系：1945年臺北帝國大學醫學部改名為臺灣大學醫學部，1949年國防醫學院從中國大陸遷到台北，1954年私立高雄醫學院設立，1958年中國醫藥學院成立，1960年私立台北醫學院成立，1962年私立中山牙醫專科學校開始招收醫學系學生，並於1977年改制為中山醫學院，1975年國立陽明醫學院成立，1984年國立成功大學成立醫學院，1987年私立長庚醫學院成立，1994年私立慈濟大學醫學系成立，1999年私立輔仁大學醫學系成立。上述醫學院系的課程規劃及教學訓練方式，大致上都模仿英美教育制度。這十一所醫學系中，四所國立，分別是臺大、國防、陽明及成大。七所私立，分別是高雄、中國、台北、中山、長庚、慈濟、輔仁。醫學系的分佈，有十所在臺灣西部，只有一所（慈濟）在東部花蓮。四所在直轄市台北：臺大、陽明、國防及北醫，一所在高雄：高醫。以區域來分，六所在台北地區：臺大、陽明、國防、北醫、長庚、輔仁，兩所在台中：中國及中山，兩所在南部：台南的成大與高雄的高醫，在東部則為花蓮的慈濟。十一所醫學系所屬的醫學院，都另設有包括牙醫學系、藥學系、護理學系、醫技學系、復健學系與公共衛生學系等醫事科系。醫學生由於其訓練時間較長，課程要求又較嚴格，招生數難以漫無限制。而其他科系的增設不但較為容易，教學硬體的設備亦較便宜，學生數較易擴張，因此醫學院大多盡量擴大系所，增加其他醫事學生數目，以求單位學生成本的降低。由於醫學院校實行綜合醫事教育導向，醫學生與其他醫事科系的學生又有一些相同課程，一起上課，師資也相同，可使學生了解其他醫事專業的特質及其在整個醫療體系內的角色，有助於其將來執業時熟悉整個醫療衛生的管理模式及與醫事人員的和衷共濟。