影響印度和巴基斯坦關係的主要障礙是喀什米爾問題。印巴兩國為了該地區的歸屬問題曾打過三次大型戰爭。(一)第一次印巴戰爭 1947年秋季，印度半島擺脫了英國的殖民統治，成立了獨立的印度聯邦和巴基斯坦兩個國家，而喀什米爾的歸屬問題雙方一直沒有商定。 喀什米爾是查謨和喀什米爾邦的簡稱，位於南亞次大陸的最西北部，印巴分治前是英屬印度最大的土邦之一，面積約為21萬平方公里，人口約為500萬，其中回教徒佔總人數的77.11%，印度教徒佔20.12%，餘為錫克教徒和佛教徒。喀什米爾地處亞洲心臟，周圍分別與俄羅斯、中國、阿富汗、印度和巴基斯坦接壤，戰略地位極為重要。 1947年10月，喀什米爾土王哈裏?辛格宣佈，該地區將歸屬印度，並已經和印度簽署了正式合併協議。印度軍隊隨後進入喀什米爾地區，同受巴基斯坦支持的穆斯林武裝展開激戰。這場衝突愈演愈烈，終於在同年底發展為印巴雙方的大規模軍事衝突，即第一次印巴戰爭。 戰爭最終沒有解決喀什米爾問題，印巴兩國不得不把該問題提交給聯合國大會和安理會。1948年8月13日和1949年1月5日，安理會兩次決定喀什米爾問題交由克喀什米爾人民自己來決定。但是，印度認為，喀什米爾問題已經由1947年10月26日其土王與印度簽署的協議解決，而反對由全民公決來決定其歸屬。 1949年7月29日，印度與巴基斯坦簽署協議，在喀什米爾地區劃定停火線。 (二)第二次印巴戰爭 第二次印巴戰爭又稱作「第二次喀什米爾戰爭」，印巴雙方沒有正式宣戰就匆匆進入了戰爭狀態。1965年8月初，喀什米爾游擊隊和印度軍隊在印巴停火線附近發生激烈交火。隨後巴基斯坦正規部隊在8月14日也捲入衝突。印巴兩國軍隊在喀什米爾停火線附近山地展開交戰，印度軍隊在猛烈炮火支援下攻佔了巴方控制線一側的多處山嶺。 進入九月份，巴基斯坦在停火線南部地區展開反擊，並攻入印度防守薄弱的旁遮普邦。巴基斯坦地面部隊在坦克配合下，給印軍以重創。雙方在戰鬥中動用了空軍支援地面戰鬥並展開激烈空戰。隨後，印巴戰爭陷入僵局。 9月20日，聯合國安理會通過決議，一致要求印巴雙方停火。印度方面於21日，巴基斯坦方面於22日先後接受聯合國的停火決議。9月23日，印巴兩國軍隊正式停火。 1966年1月，印巴雙方簽署《塔什幹宣言》。巴基斯坦承諾在克什米爾問題上「不使用武力而是用和平手段解決爭端」和「互不干涉內政的義務」。 (三)第三次印巴戰爭 1971年3月，印度內閣、議會和國大黨分別開會，通過了支持東巴基斯坦建立「孟加拉國」的決議，同時在印巴邊境集結軍隊，進行軍事演習。7月，印度又制定了「解放孟加拉」的戰爭計劃。為了尋求國際支持，印度還於8月間同蘇聯簽訂了《和平友好合作條約》，並從蘇手中獲得了坦克、裝甲輸送車和地空導彈等武器裝備。巴基斯坦高度警惕印度的戰爭備戰，也進行了相應備戰。 到1971年11月為止，雙方的兵力部署基本完畢。印度在東巴方向投入的兵力共3個軍部、7個師，空軍12個中隊，作戰飛機200架、海軍艦艇26艘，約17萬人；在西巴方向投入的兵力共13個師8個旅，空軍20個中隊，作戰飛機300架，海軍艦艇20艘，約30萬人。巴基斯坦在東巴方向投入的兵力共4個步兵師，空軍兩個中隊，作戰飛機17架，約9萬人；在西巴方向投入的兵力共12個師6個旅，空軍20個中隊，作戰飛機200架，海軍艦艇20餘艘，約25萬人。雙方兵力對比，在東巴方向，印軍佔有明顯優勢，巴軍處於劣勢；在西巴方向，兩軍旗鼓相當，印軍略佔優勢。 1971年11月21日，印軍向巴基斯坦突然進攻，印巴戰爭爆發。23日，巴總統葉海亞?汗宣佈全國處於緊急狀態，巴軍全力抗擊印軍。戰爭在東巴和西巴兩個戰場展開。印度的戰略企圖是，東攻西守，以奪佔東巴為最終目標。巴基斯坦的戰略指導方針則是全力固守各戰略要地，以此粉碎印軍的突擊行動。 在東巴戰場，印陸軍在海、空軍密切配合下，集中兵力，從東、西、北3個方向，對東巴實施“多路向心突擊”。在東部方向，印軍以3個師及8個營加強部隊的兵力，分3路發動攻勢行動，至12月9日攻佔了阿舒甘傑、道德坎迪和昌德普爾3個重鎮，打開了通往達卡的門戶。在西部方向，印軍沿西南和西北兩條軸線展開進攻，一路遇到巴軍頑強抵抗，但由於印軍佔有兵力優勢，至12月14日，西南一路印軍攻陷重鎮法裏德普爾，對達卡構成威脅；西北一路印軍則幾度破壞巴軍防禦陣線，並經反復爭奪佔領了重要城鎮波格拉，但未能向北發展進攻，因而沒有完全實現作戰企圖。在北部方向，雙方在賈馬爾普爾、米門辛格與坦蓋爾進行攻防作戰，結果，巴軍未能守住陣地，丟失賈馬爾普爾，退守坦蓋爾地區，建立新的防禦。在三個作戰方向的印軍先後完成對達卡合圍攻擊的作戰準備後，印軍開始向達卡發起總攻。印軍第50傘兵旅首先在距達卡70公里的西北部重鎮坦蓋爾和距達卡30公里的東北要點納西格迪實施空降作戰，一舉切斷了巴軍退路，向南直逼達卡。12月15日，印軍完成從東、西、北三個方向對達卡的合圍，海、空軍則從海上和空中實施嚴密封鎖，完全切斷了東巴與西巴以及外部的任何聯繫。在這種情況下，東巴守軍於12月16日向印軍投降，東巴戰場的攻防作戰遂告結束。 在西巴戰場，雙方進行了以空戰為主的交戰。印軍憑藉其空軍力量的優勢，力圖重創巴空軍於基地，破壞巴交通運輸線，孤立巴軍各戰場的相互聯繫，阻止巴地面部隊機動和集結，達到削弱與鉗制西巴地面部隊的目的。巴軍則努力加強要地防空，鉗制與削弱印空軍作戰力量，阻止或限制印空軍的空襲行動，保障地面作戰的進行。交戰結果，雙方均未取得決定性戰果。在空中較量的同時，雙方也進行了有限的地面作戰行動。兩軍各有攻勢行動，其中印軍以多路發動進攻，先後佔領了西巴信德省和薩克加爾地區3600平方公里的領土。此時，印軍已在東巴戰場取得勝利，因此印度於12月17日宣佈，在西巴地區實行“單方面停火”。巴基斯坦接受了印度的停火建議，西巴戰場的作戰行動至此結束。 第三次印巴戰爭結束後，東巴脫離巴基斯坦，成立了孟加拉共和國。此外印度還佔領了巴控克什米爾地區的320平方公里的土地。1972年7月，印巴簽署了《西姆拉協定》，雙方同意在查謨和克什米爾尊重1971年雙方停火後形成的實際控制線。