「行政區畫法」將台灣地區劃為一省二市；高雄縣併入高雄市，台北縣和基隆市併入台北市。地方自治法的法案，需先通過行政區畫法，將行政區調整後，再依省縣自治法和直轄市自治法進行省市長民選。1993年通過省縣自治法，直轄市自治法及行政區劃法，而於1994年12月完成省市長民選工作。1998年進行「精省」工作，廢除省長民選及省議會。 在行政院的規劃上共分成三個階段來進行「精省」作業：第一階段：民國87年12月底至88年6月為組織調整之規劃與過渡時期，確定組織與人員之調整、權益保障及財產之處理等原則，並將台灣省政府與台灣省諮議會改制為行政院的派出機關。第二階段：民國88年7月起至89年12月止，係組織的調整期，除辦理各項組織整併、改隸、精簡與業務移撥外，應由各部會就未來政務推展之整體需求，重行修法，調整部會及其所屬機關組織。第三階段：完全回歸〈地方制度法〉規範。 關於「精省」作業第三階段，其實際執行做法上是：先於民國87年10月28日公佈〈台灣省政府弁鈮~務與組織調整暫行條例〉，確定省政府的定位在「為行政院派出機關台灣省為非地方自治團體。政府受行政院指揮監督，辦理下列事項：一、監督縣市自治事項。二、執行省政府行政事務。三、其他法令授權或行政交辦事項。」民國87年12月21日由民選省長職改為官派省主席，民國88年7月省政府各單位轉型為行政院各部會中部辦公室。民國89年3月21日廢止〈省政府組織法〉，即去除「省」這個階層，於實質上行政院將下轄2個直轄市、5個省轄市、18個縣。