就在清政府開始重視牡丹社事件之後續發展時，各列強以外交斡旋的方式介入清政府與日本的談判，以及日軍在台灣面臨水土不服、戰士死傷不少的情況下，日本和清政府開始就牡丹社事件展開談判。雙方議和在北京 展開， 清政府談判時由於本身海防力量的不足，內地又有雲南、陜西、甘肅等地的民變要處理，外交上越南問題也很棘手，因此對於台灣問題無法全盤兼顧。所以在西方列強介入斡旋下，台灣「生番」地區的主權確認為清政府所有，但也承認日本此次出兵是「保民義舉」的行為，這無疑默認了琉球是日本的屬地。此外，還要給予難民撫卹銀及購買日軍修築道路房屋共約五十萬銀兩，甚至同意日本代表大久保在談判回程時，於台灣南部琉球民遇害地點，立了一個墓碑，上面書 寫：「大日本琉球藩民54名墓」。這樣的談判顯示出清政府的無能與缺乏自信，除了引起日後中日對於琉球的爭議外，更造成當時中國國際地位的衰退，除了列強已經認為中國是紙老虎外，日本也不再把中國看在眼裡，開始更積極 的對華政策。