吳虞是真正的反儒主將。他不僅批判儒家的思想和倫理系統，也攻擊禮教、律令、制度、習俗、歷史事件評估等和儒家有所關聯的東西，他打擊的重點放在制度、習俗及法律哲學上。吳虞認為儒家思想擁護傳統的家族制度，其倡導的家長主義變成專制的基礎；它的基本倫理－孝，變成盲目的忠於統治者，他說「孝的觀念把中國弄成一個製造順民的大工廠。」忠孝並用，君父並尊的說法自然備受統治者的歡迎，尤其是獨裁君主。除了攻擊孝道之外，吳虞還批判孔子所倡導的階級制度和社會不平等。吳虞批判儒家思想，並不限於孔子的教義或經典，也涉及中國的制度、法律、習尚及對社會生活的實際影響。他揭露了中國統治者及官僚加在人民身上的虛偽與殘酷的倫理教條，並進一步攻擊以儒家思想為核心的傳統。如吳虞曾說「孝」的真諦是「不要犯上作亂，把中國弄成一個製造順民的大工廠。」吳虞批判儒家的態度，備受胡適的讚揚，他認為吳虞不自覺地引用了實用主義的標準，並且正確的批判了儒家思想。胡適在《吳虞文錄》的序言中，稱吳虞為「四川省隻手打倒孔家店的老英雄」，於是「打倒孔家店」這個口號風靡了五四時期的中國知識份子。