甲午戰後，日本朝野對中國與東亞問題興趣越來越高。當時早稻田專門學校的部分學生設立了「時局研究會」，討論中國問題，並且邀請參謀本部的田村怡與造、福島安正、宇都宮太郎等人，對中國時事進行演講。光緒二十二年（1896），日本政界大老犬養毅主張「確立對華政策，實為當務之急」，勸告當時的內閣派人調查中國問題。日本外相大隈重信即派遣可兒長一、平山周、宮崎寅藏三人，以外務省諮議的名義前往中國華南，調查革命黨的活動情形。光緒二十三年（1897），日本成立了「東亞會」與「同文會」。「東亞會」由陸實、三宅雄二郎、犬養毅、池邊吉太郎、平岡浩太郎、江藤新作、安藤俊明、香川悅次、井上稚等二十九人組成，以研究時局為目的，並主張邀請正在中國鼓吹變法的康有為、梁啟超入會。「同文會」則以啟發中國人、匡救東亞時局為宗旨，由井手三郎、岸田吟草、宗方小太郎、中島真雄等人所倡導。光緒二十四年（1898）底，東亞會與同文會合併為「東亞同文會」。光緒二十六年（1900），東亞同文會在南京成立「東亞同文書院」。招收日本與中國學生。實際上，東亞同文書院為一訓練日本特務的機構，最大的成就在於分派畢業生至中國各地調查。前四期學生的調查報告集結編成的《支那經濟全書》，至今仍為非常重要的史料。