光緒三十一年（1905），俄國在陸海軍皆大敗的情形之下，接受美國調停，與日本簽定「樸資茅斯條約」，俄國承認日本在朝鮮的特權，將俄國在南滿的一切特權（旅順、大連租借權，南滿鐵路的修築與經營權等）讓與日本，並割讓庫頁島南部予日本。日本並逼迫中國簽訂「東三省事宜條約」，對樸資茅斯條約的內容「概行允諾」。光緒三十一年（1905）九月，日本在南滿成立「關東總督府」，以管轄旅順、大連等新租借地，並且作為侵略中國東北的中樞。此外，日本又於光緒三十二年（1906）成立「南滿鐵道株式會社」，作為在東北進行經濟侵略的中心。光緒三十三年（1907），日本撤銷關東總督府，改設「關東都督府」（下設民政部、陸軍部）。民國八年（1919），又裁撤關東都督府，改設以文官為長官的「關東廳」，以及由原都督府陸軍部改組的「關東軍司令部」。宣統二年（1910），日本正式將朝鮮兼併為殖民地，設立朝鮮總督府統治之。朝鮮被日本兼併之後，日本侵略東北更為便利。