室町幕府和鐮倉幕府一樣，以代天皇統治全國的思想，設立各種機構與官職。將軍仍是幕府行政的最高負責人，綜理一切政務。其下置「管領」，類似鐮倉幕府時的「執權」，目的在輔佐將軍處理政務，為了防止如北條氏的擅權情況發生，並產生相互制衡的效果，所以管領一職例由足利氏一族的斯波、細川、?山三氏輪流擔任，謂之「三管領」。管領之下仍有侍所、問注所、政所等機構。其中以侍所最為重要，負責處理足利氏御家人的統制與刑事訴訟，其首長為「所司」，例由山名、一色、京極、赤松四氏擔任，謂之「四職」。透過「三管領」與「四職」的設置，幕府得以籠絡這些守護大名。問注所為保管幕府紀錄文件，負責處理文書之謬誤、偽證、證件遺失等訴訟之審理工作，其首長稱為「執事」。政所與鐮倉幕府處理一切政務有異，為主持幕府財政，並審理有關買賣、借貸、質押等方面的問題，其首長亦稱為「執事」。另外在鐮倉地方設有「關東御所」，其下有「關東管領」。關東御所由尊氏次子基氏及其子孫世襲，管轄日本東部、東北部地方，除了守護由將軍任免外，其他事務均委由其手，有與幕府相同之機構，結果造成之後不時有關東管領與室町幕府對立的亂事。此外，在九州設有「九州探題」，東北地方設有「奧州探題」、「羽州探題」等官職，也都由有力的守護大名世襲擔任。