格魯派（?教）始祖宗喀巴去世時，要求兩弟子世世轉生、永揚佛法，此種轉世制度稱為「呼畢勒罕」。形成達賴（蒙古語大海之意，觀世音俗薩化身）與班禪（梵文班智達，大學者之意，無量光佛化身）兩活佛傳承系統。明末（西元1641年），達賴五世與班禪四世派人祕召蒙古和碩特酋長固始汗率兵入藏，使?教獲西藏優勢地位。清朝建立後，西元1652年達賴五世赴北京覲見順治皇帝，獲賜金冊、金印與金銀禮物，成為宗教領袖，而固始汗任政軍領袖，使?教在西藏的「政教合一」統治有了基礎。西元1645年起達賴五世修建拉薩布達拉宮的白宮，作為行政中心。後有人為紀念圓寂的達賴五世再增修紅宮，成為歷代達賴之靈塔和佛堂所在地，此後，歷代達賴喇嘛均以此為駐在之所。今日布達拉宮是世界最高的古宮殿建築，更是西藏歷史與佛教藝術寶庫。另外，歷代班禪以後藏札什倫布寺為駐在所。自清康熙皇帝開始介入西藏管理，封班禪五世，入藏平定新疆蒙古準噶爾軍，冊封七世達賴喇嘛，到乾隆皇帝時正式訂立「噶夏」制度，設立駐藏大臣與達賴喇嘛共同掌管西藏事務。西元1793年清廷頒布《欽定藏內善後章程》二十九條，針對活佛轉世頒發金「本巴」寶瓶一件，以防弊端，即「金平掣簽」制度，此後西藏事務均依此行事。