宗教改革期間，新舊教徒尚不知寬容，常藉異端之名，彼此迫害，再加上各國間複雜的政治關係與利益的糾葛，致使歐洲在十六、十七世紀間戰爭不斷，這些戰爭也常披著宗教的色彩。例如：西班牙為了保護其與美洲之間的貿易獨立地位，派遣「無敵艦隊」征英，便是以捍衛舊教，討伐新教為名。最慘烈的一場宗教戰爭莫過於「三十年戰爭」。三十年戰爭一開始只是神聖羅馬帝國內部的新、舊教爭執，起因於神聖羅帝國皇帝鎮壓境內的新教徒，激起波希米亞（Bohemian）新教徒的叛變，並意圖尋求獨立。後來丹麥、瑞典、法國等也都因為各自的利益而加入了戰團，最後竟演變成全歐洲的大戰爭。 西元1618年，信仰新教的波希米亞人民發動叛變之後，當時的神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世（Ferdinand Ⅱ，1619—1637）迅速派兵鎮壓，事後並迫害新教徒，下令廢止一切宗教自由。波希米亞戰爭的結果，讓英國、荷蘭、瑞典、丹麥等新教國家感到震驚，擔心舊教的勢力會因此而壯大，有意派兵干涉。丹麥在英國的支持下，在1625年派出六萬大軍，進軍神聖羅馬帝國。表面上，丹麥是同情神聖羅馬帝國的新教徒，實際上，爭取新領土才是丹麥出兵的主因。波希米亞貴族出身的華倫斯坦（Wallenstein）意識到這是一個攸關國家存亡的戰爭，乃自費招募軍隊，力阻丹麥侵略國土。1629年，兩軍講和，簽訂了「律貝克和約」（Peace of Lubeck）。戰事至此，舊教徒占盡上風，斐迪南二世趁勝追擊，頒佈一項法令：要求新教徒歸還在西元1552年之後所取得的教領地及教產。丹麥失敗後，西元1630年，因為對神聖羅馬帝國的勢力進出波羅的海同樣感到不安的瑞典，也組織了一支新教軍向神聖羅馬帝國宣戰。素有「北歐雄獅」之稱的瑞典國王哥斯塔夫阿道夫（Gustavus Adolphus）是位軍事天才，他以「步兵五列，騎兵四列」的新戰法大敗神聖羅馬帝國的軍隊，正當戰事順利推進之際，阿道夫卻慘遭大砲擊斃，瑞典軍情告急。為了支援友邦，原本在幕後支持的法國也派兵加入戰局。 法國雖然是典型的舊教國家，卻因為想要削弱鄰國—神聖羅馬帝國，進而擴大自己的政治勢力而一直默默地支持新教國家。當時的神聖羅馬帝國唯一強大的盟邦是西班牙，因為兩個國家的皇帝同為哈布斯堡家族成員，但西班牙本身的麻煩不少，征英之役失敗後，還得應付國內接連獨立的葡萄牙和荷蘭；雪上加霜的是神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世又在西元1637年駕崩，而且境內的新教徒早已明白這場戰爭是針對統治者哈布斯堡家族而來，因而紛紛宣佈中立。神聖羅馬帝國的舊教軍隊只能苦撐應變。 其實早從1644年以來，參戰各國的代表便在西發里亞地方開始討論如何結束這場大戰。談判內容主要是由法國主導，談判期間，打打談談，一直到1648年才正式簽訂「西發里亞條約」（Treaty of Westphalia），和約中最重要的意義是承認新、舊教同獲平等地位。