當馬丁路德的思想與著作陸續傳入英國時，吸引了不少支持者，但英國的貴族及教會都反對新教，英國政府因而採取嚴厲的反新教措施，將路德的學說斥為異端，禁止新教言論的散佈，逮捕倡導新教的改革人士，當時的國王亨利八世甚至還親筆寫了一篇「七大聖典衛護論」（Defense of the Seven Sacraments）以反駁馬丁路德，並且為了表示忠於教宗，還特別包裝以金色封面，派遣特使呈獻給教宗李奧十世，李奧十世封贈亨利八世為「信仰衛護者」（Defense of the Faith）。不久之後，亨利八世卻因為婚姻問題而與羅馬教廷決裂。原來亨利八世的哥哥亞瑟（Arthur）娶了西班牙公主凱薩琳（Catherine）為妃，不到半年，亞瑟去世，為了延續與西班牙王室聯姻的機會，便將凱薩琳改配給亨利八世。凱薩琳比亨利八世大六歲，兩人所生的子女多數夭折，只有瑪麗（Mary）一人存活，加上凱薩琳已難再生育，於是亨利八世想起了舊約聖經中所言︰「人若娶兄弟之妻不能生子」，認為自己應是違背天意而遭天譴。此時，亨利八世迷戀上凱薩琳身邊年輕貌美的侍女安妮寶琳（Anne Boleyn），深得亨利八世喜愛。亨利八世於1527年向教宗提出離婚要求，以年幼被迫與寡嫂成婚為由，請求當時的教宗克力門七（Clement Ⅶ）批准其離婚案。面對此案，克力門七世陷入左右為難的困境。若批准了離婚案，則勢必為教廷埋下後患，因為凱薩琳是西班牙兼神聖羅帝國皇帝查理五世的姑母，而且查理五世的軍力控制了羅馬等地；若不批准離婚案，則又得罪了亨利八世，克力門七世只得採取拖延戰術，壓下此案不批。亨利八世對教宗的拖延感到不耐煩，在國會的支持下，遂自任為英國教會的最高領袖，成功結束他與凱薩琳的婚姻關係。亨利八世雖然脫離了羅馬教會的控制，但英國國教派仍保有舊教的教會組織、教義解釋、禮拜儀式等。直到1547年，亨利八世病逝，年僅九歲的愛德華六世（Edward Ⅵ，1537-1553）即位。因為輔政大臣傾向新教，坎特伯里大主教克蘭姆（Thomas Crammer）在1548年寫成「公共祈禱書」（The Book of Common Prayer）一書，並經國會通過，下令全國的教堂一體遵行。政府積極的清查教堂的財產，同時焚毀與天主教相關的著作或是祭品，甚至禁止望彌撒，使得舊教在英國反而成為異端。西元1553年，愛德華六世病逝，其姊瑪麗繼承王位。瑪麗是個虔誠的天主教徒，在新教信仰者當政的時期，她的信仰讓她飽受苦難。1554年，她下令全國恢復天主教信仰，規定新教及其他教派均屬非法，不得活動與散發出版品。但英國國內的新教勢力並未因此衰微，瑪麗王后甚至聽聞新教徒正策劃叛變，為了貫徹天主教信仰，大開殺戒，前述的大主教克蘭姆也是殉道者之一，受迫害的新教徒因此稱她為「血腥瑪麗」（Bloody Mary），這段迫害時期並不長，她在1558年病逝，由亨利八世與安妮寶琳的女兒伊莉莎白一世即位。 羅馬教廷因為伊莉莎白一世的身世而拒絕承認她合法的英王地位，伊莉莎白一世決定恢復新教，使得英國教會再次脫離羅馬教宗而獨立，確立英王是英國國教派的領袖，並且修訂「公共祈禱書」，通令全國各教會採行。西元1563年，制定「三十九信條」（Thirty nine Articles），作為全英國國教派遵守的教規，奠定了英國國教派的教禮、教義之基礎。伊莉莎白一世不僅打壓了天主教徒，也不能容忍新教的極端派—清教徒（Puritans）的批評，這些清教徒後來便遠走北美洲，開闢新天地。