西元1517年，馬丁路德發表了「九十五條論綱」後，激起一連串的筆戰。擁護販售贖罪券的教士，例如泰澤爾，在同年，寫了「一百零六篇駁論」（One Hundred and Six Anti-Theses）作為「九十五條論綱」的答辯。路德又寫了「論贖罪券與上帝恩賜」（A Sermon on Indulgences and Grace）回答泰澤爾，且挑戰意味濃厚地答道：「假使因為我所說的道理，使某些人的錢包受到影響，而稱我為異教份子的話，我會很不在乎這些人的咆哮，因為只是那些不懂聖經的人這麼說而已。」但，此時的路德其實並無意創立一個新教派，也沒有要脫離羅馬教會的意思，他只是堅持他認為對的事。路德在剛發表九十五條論綱時，思想體系其實並不完整，經過多次的辯論之後，路德的觀念更為清晰、融貫，與羅馬會的思想漸行漸遠。反對路德的人則意圖將他與波希米亞的胡斯視為同路人，指責路德破壞教會規則，並且強烈建議路德應受火柱之刑。西元1519年，擁護傳統神學的英格斯塔特大學（University of Ingolstadt）的教授埃克（Johann Eck）便公開要求與馬丁路德辯論，埃克高明的辯論技巧迫使路德同意韋克力夫、胡斯等人的宗教改革主張，同時承認自己的確是異端。這達到了埃克的目的，他隨即將此一辯論寫成報告，呈給教宗。1520年，路德陸續完成三本小冊子：《致日耳曼基督教貴族書，關於基督徒地位的改進》（To the Christian Nobility of the German Nation Concerning the Improvement of the Christian Estate ）、《教會的巴比倫之囚》（The Babylonian Captivity of the Church）、《基督徒的自由》（The Liberty of Christian），這些小冊子在歐洲廣受歡迎，卻激起了教宗的憤怒。教宗決定以教會最嚴厲的處罰來制裁路德—發布「破門令」，意即將他逐出教會。路德的反應令教宗驚愕，路德在威丁堡大學的師生面前將教宗的詔令當場焚毀。1521年，教宗再對所有的新教徒發出破門令，路德與教宗正式決裂。為了解決日耳曼內部的宗教問題，1521年，新上任的神聖羅馬帝國皇帝查理五世（Charles Ⅴ）在伏姆斯（Worms）召開會議，他將路德等新教份子視同蛇蠍。會議上，路德重申聖經的權威、「因信得義」堅不屈服於教宗的精神鼓舞了新教人民，卻也招致舊教人民的反感。為了保護路德，支持路德的撒克遜公爵腓特烈將路德藏匿在瓦特堡（Wartburg），路德在這段時間內，將新約聖經翻譯為德文。1522年，路德眼見新教改革運動的分裂與失控，毅然決然回到威丁堡，領導宗教改革，他取消修道院，允許修士、修女、教士結婚，禮拜時也改採德語，路德成為真正的宗教改革領袖，這也是路德教派的起源。1522—1525年間，一群受到新教思想啟發的宗教改革極端派不斷煽動農民叛變，路德雖自稱為「農民之子」（Son of Peasant），但他反對暴力革命，支持政府鎮壓農民暴動，並在1525年出版了《反對殺人越貨的農民暴徒》（Against the Murdering，Thieving Hordes of Peasant）。但許多原本支持新教的諸侯卻不能茍同路德的行為，包括路德與一位修女結婚，身體力行反獨身主義的教義，使得不少日耳曼南部的諸侯重返羅馬公教的陣營，日耳曼境內從此有了新、舊教之分。新、舊教戰營分別成立「徐馬爾卡底聯盟」（Schmalkaldic League）與「天主教聯盟」（Catholic League），彼此對峙。在路德死後，當時神聖羅馬帝國皇帝查理五世袒護「天主教聯盟」，並想要藉此消滅新教與擴張皇權，曾在1546—1547年間發動戰爭，但新教諸侯反對查理五世干涉宗教信仰，連舊教諸侯都反對他擴張皇權，查理五世功敗垂成。1555年，雙方簽訂「奧格斯堡宗教和約」（Religious Peace of Augsburg），尊重彼此信仰自由，路德教派從此取得合法地位，日耳曼北部及北歐各國如瑞典、挪威、丹麥等都相繼改信路德教派，路德教派成為北歐勢力最大的教派。不過，奧格斯堡宗教和約並沒有保障真正的宗教自由，一直到三十年戰爭（The Thirty Years’ War，1618—1648）結束，才確保歐洲各地的宗教自由。