台灣基督長老教會創立神學校培育本地信徒擔負起傳播福音的工作。1869年英國長老教會馬雅各醫師與李庥牧師開設的『傳教師養成班』。1876年英國教士會合併台南與旗後之『傳教師養成班』，於台南創設『大學』，第一任校長為巴克禮牧師，學生15人，是台灣神學校教育之濫觴，是培育本土傳教士的搖籃，藉由本地宣教師將福音傳給本地人。1895年乙未戰役期間，日軍侵台，府城（台南）一度危急，本院再度宣佈停辦。日人領台，人心沮喪，使教會思及宣教工作不可停頓，乃毅然復校。數年後學生數驟增，校舍不敷使用，卻苦無資金擴建。適校長巴牧師返回英國報告台灣傳教概況，並期籌募資金。數日後有一信徒私訪巴牧師，問明所需款數，巴牧師答以「約需千磅」。此人立即如數認捐，並以「不可公開姓名」為條件。1901年5月15日台南教士會以700元購買在新樓宣教師館對面的土地做建築神學校新舍之用。至翌年開始興建，1902年10月任命高金聲(高鐵)為新神學校之教師，可以收容40名學生的新校舍，在1903年2月17日舉行落成典禮。一九一三年改校名為台南神學校一九二五年巴博士退休由宣教師滿雄才牧師（Rev. W.E. Montgomery）任校長，一九四八年，更改校名為台南神學院。台南神學院禮拜堂基本上使用了相當多的中世紀仿羅馬建築之語彙，例如教堂西正面部分。鐘塔、環形殿及南北通廊外貌均可見到在室內裝修方面，台南神學院禮拜堂也有其特色之處。分隔空間的托次坎柱式所形成的連續拱圈、拱圈上方水平四葉飾裝飾帶、雙層次的木格天花板以及環形殿上的彩色玻璃均值得一觀。「理學堂大書院」是馬偕博士利用加拿大牛津郡鄉親的捐款所建，因此又稱「牛津學堂」。它於1882年夏天峻工開學，作為其培育傳道、醫療和教育人才的基地。建築採中西合壁，為馬偕博士親自設計，為國家列入二級古蹟。牛津學堂的教學非侷限於神學、教義，也傳授自然科學和人文科學，以擴大青年知識領域和視野。除了設備新穎、教師先進，也採西式學制。比劉銘傳創設的「西學堂」更早，可說是台灣新文化的搖籃地。馬偕在台宣教成功實歸因於他注重本地幹部之培訓，且其教育目標非僅局限於傳道人才所需之神學、教義，亦授天文、地理、醫學、應用科學等課程，以擴大學生知識領域及視野。1884年馬偕繼牛津學堂之後，創辦了這所北台灣女子首座「女學堂」。由於當時民智未開，開學時僅卅餘名噶瑪蘭平埔族女子入學，但已是開時代先河。當時校舍仍為馬偕博士所建（1915年才拆除重建）。 1907年，女學校按日本學制重新開校之後，學生漸多，原女學堂之建築已不敷使用，遂在1915年停課，由吳威廉牧師重建新校舍，翌年五 月完工開學。1916年5月峻工，更名「淡水高等女學校」。1922年又更名為「淡水女學院」，1945年後一度與淡水中學合併，成為淡水中學女子部，後再分離，更名為純德女子中學，1965年與淡江中學合併。1885年，英國基督長老教會選定府城台南，創辦了台灣第一所西式中學－「長老教中學」，即今日「長榮高級中學」的前身。創校初期，校址位於府城二老口街，即今的衛民街口萬鍾社區，1894年2月22日，校舍遷到新樓內的新教室上課。1895年，台灣割讓給日本，長榮中學在第一任校長余饒理先生的策劃下，在困境中繼續苦心經營。1901年，費仁純先生被英國教會任命為第二任校長。採用漢文、日文、英文教學，使本校的教育方式更趨向多元化。1914年，萬榮華牧師出任第三任校長，為發展校務，再作遷校計劃，次年，位於東門城郊現今校址上之新校舍開始動工興建，歷經一年多全部完工後，本校遂於1916年正式遷入現址。在萬校長任期內，注重科學、英語、體育，將足球運動引進台灣；同時重視基督教的人格教育。李庥牧師 (Rev. Hugh Ritchie) 與其夫人關心台灣女子的教育，四處奔走籌募經費並親自設計此女學校的校舍。1885年朱約安 (Miss Joan Stuart) 與文安 (Miss Annie e. Butler) 二位女宣教士來台 接續女學校的開辦事宜，她們學習漢文台語，走遍鄉村城市，訪問家庭，招募學生。當時唯一的入學條件是不纏小腳，至1887年好不容易才招到19位學生，當年二月十四日正式開學。女學校開創之初，校內大小事務均由文安與朱約安二姑娘主持，教師有四位，除了文姑娘與朱姑娘外，還有一位女老師與許秀才；翌年萬真珠宣教師抵台參加女學校的教育工作，直到1903年均由這三位女宣教師輪流主持校務，一人管理校務，另二人則巡迴鄉村協助教會或去探訪新樓醫院。 1903年英國女宣道會派盧仁愛教士(Miss JeanieA.Lioyd)到本校負責教務，翌年主持校政，為第一任校長。盧校長對發展女學校不遺餘力，到1918年學生人數增加，原有校舍已無法容納，盧校長極力奔走募款購得三甲地，目前校址所在地。盧校長並興建長榮大樓與一棟木造二樓建築供餐廳用，此建築稱為赤嵌樓。1923年11月28日舉行落成典禮。